Il Collegio Massimo della Compagnia di Gesù in Napoli, fondato nel 1552 non ha mai cessato di conferire i gradi accademici in Sacra Teologia agli studenti gesuiti, in forza del diritto che i Sommi Pontefici Giulio III, Pio IV, Gregorio XIII e Pio IX hanno confermato.
Sospesa dall'anno 1767 con la soppressione della Compagnia di Gesù nel Regno delle due Sicilie, la sua Facoltà Teologica è stata ristabilita a Napoli nell'anno 1827 e, dopo la dispersione del 1860, è stata ripristinata nel 1898 nell'attuale sede del Collegio Massimo S. Luigi a Posillipo. I suoi statuti, elaborati secondo le direttive della Costituzione Apostolica Deus Scientiarum Dominus del 1931, vennero approvati il 31 luglio 1937. Essa veniva riconosciuta come Pontificia Facultas Theologica Sancti Aloisii ad Pausilypum, annessa al Collegio Massimo S. Luigi e retta quanto agli studi dalla Ratio Studiorum della Compagnia di Gesù.
In conformità alle direttive del Concilio Vaticano II e alle norme emanate dalla Sacra Congregazione per l'Educazione Cattolica circa la pianificazione delle Facoltà, nel 1969 è stata costituita la Pontificia Facoltà Teologica dell'Italia Meridionale. Essa è costituita da due Sezioni: la Sezione S. Tommaso d'Aquino, che corrisponde alla Facoltà già esistente nel Seminario Maggiore Arcivescovile di Napoli, e la Sezione S. Luigi, che corrisponde alla Facultas Theologica Sancti Aloisii ad Pausilypum. Gli Statuti Generali della Facoltà furono redatti in base alle Normae Quaedam e rivisti in conformità alla Costituzione Apostolica Sapientia Christiana. Essi sono stati approvati il 18 aprile 1986, insieme agli Statuti Particolari delle due Sezioni. La personalità giuridica civile della Facoltà è stata sancita dal D.M. del 2 febbraio 1995 (cf G.U. s.g. n° 217, 16.09.95).
La Facoltà, in piena comunione con la Sede Apostolica e con le Chiese locali, costituisce una grande famiglia accademica al servizio della comunità ecclesiale e della società civile, specialmente del Mezzogiorno d'Italia.